Структура параллельных маршрутов, унаследованная от Gaiden (FE2) и уникальная среди игр серии Fire Emblem. Игра разделена на два одновременных маршрута: Alm возглавляет Освободительную армию Зофии (Deliverance), продвигаясь на север через территорию Ригеля, а Celica ведёт свою группу на восток в паломничество к храму Mila. Игрок свободно переключается между маршрутами на мировой карте, продвигая историю каждого героя в удобном темпе. Маршруты имеют радикально разный состав юнитов: Alm получает физических бойцов (Cavaliers, Soldiers, Archers), а Celica — магов и пегас-рыцарей (Mages, Pegasus Knights, Mercenaries). Враги также различаются: на маршруте Alm преобладают человеческие солдаты Ригеля, а Celica чаще сталкивается с монстрами (Terrors) и пиратами. Маршруты конвергируют в Акте 5, где обе армии объединяются для финального сражения против бога Duma. Некоторые предметы можно передать между армиями через NPC, что добавляет элемент ресурсного планирования. Двойная структура создаёт эффект масштабного эпоса с двумя параллельными историями, сходящимися к общей кульминации.
