FE12 расширила онлайн-функционал, впервые представленный в FE11. Через Nintendo DS Wi-Fi Connection были доступны три основные функции: онлайн-магазин с эксклюзивными предметами, которые обновлялись периодически; командные сражения (Team Battles), где игроки сталкивали свои армии в PvP-боях на специальных картах; и обмен командами с другими игроками. Онлайн-магазин предлагал предметы, недоступные в основной кампании, включая редкие стáффы, мощное оружие и статовые бустеры. Team Battles позволяли выбрать до 5 юнитов из файла сохранения со всеми их характеристиками и экипировкой. Мультиплеерные бои добавляли измерение метагейма: оптимизация билдов юнитов и выбор команды становились важными элементами. Все онлайн-сервисы были закрыты вместе с прекращением работы Nintendo Wi-Fi Connection 20 мая 2014 года. С тех пор Wi-Fi-функции FE12 полностью недоступны, и эксклюзивные предметы онлайн-магазина невозможно получить легитимным путём.
