FE11 стала первой игрой серии Fire Emblem с полноценным онлайн-мультиплеером. Через Nintendo DS Wi-Fi Connection игроки могли сражаться друг с другом, выбирая 5 юнитов из своего файла сохранения. Юниты сохраняли все свои уровни, характеристики и экипировку из одиночной кампании, что делало прокачку в сюжетном режиме напрямую влияющей на мультиплеерную мощь. Бои проходили на специальных картах, оптимизированных для PvP-сражений. Система матчмейкинга была базовой — игроки подключались к случайным оппонентам или сражались с друзьями по коду. Мультиплеер добавлял совершенно новое измерение реиграбельности: оптимизация билдов юнитов, выбор оптимальной команды из пяти бойцов и стратегия расстановки стали важными метагеймовыми элементами. Сервис был закрыт вместе с прекращением работы Nintendo Wi-Fi Connection 20 мая 2014 года, и с тех пор онлайн-функционал FE11 недоступен. Несмотря на закрытие, мультиплеер FE11 заложил фундамент для онлайн-функций в последующих играх серии.