Система батальонов — одно из главных нововведений Fire Emblem: Three Houses. Каждый юнит может экипировать батальон — отряд солдат, дающий статистические бонусы и доступ к Gambit — уникальной тактической способности. Батальоны имеют собственный уровень (Authority Rank определяет доступные батальоны), запас прочности (Endurance) и тип (Infantry, Cavalry, Flying, Magic и др.).
Статистические бонусы батальона добавляются к характеристикам юнита: Final Stat = Unit Stat + Battalion Bonus. Бонусы варьируются от +2 до +10 к различным параметрам. Gambits — активные способности с зоной поражения (AoE), наносящие урон и накладывающие эффекты: оглушение (Rattled — юнит не может действовать), снижение характеристик, эффективный урон против определённых типов врагов. Формула урона Gambit: Gambit Damage = Gambit Might + (Cha / 4), где Cha — Charm юнита.
Gambits незаменимы против Demonic Beasts: каждый попавший Gambit снимает одну бронированную панель. Без Gambits Demonic Beasts практически непобедимы. Батальоны восстанавливают Endurance между главами или при возвращении в монастырь. На карте Gambits ограничены количеством использований — планируйте их расход.