Система классов в FE16 основана на Certification Exams — экзаменах, позволяющих юниту сменить класс. В отличие от предыдущих игр, где классы менялись через предметы (Master Seal), в Three Houses каждый экзамен имеет требования по навыкам и шанс успеха. Экзамены делятся на уровни: Beginner (Lv 5), Intermediate (Lv 10), Advanced (Lv 20) и Master (Lv 30).
Шанс успеха экзамена зависит от уровня навыков юнита: [Pass](/skills/pass) Rate = Base Rate + Skill Level Bonus. Минимальный шанс — 30%, максимальный — 100%. Каждый класс требует определённую комбинацию навыков. Например, Wyvern Lord требует: Axes A, Flying A, Lance C. При достижении всех требований шанс = 100%. Для сдачи экзамена необходим расходуемый Seal: Beginner Seal, Intermediate Seal, Advanced Seal или Master Seal.
Система Certification создаёт уникальную стратегическую глубину: игрок должен планировать развитие навыков каждого юнита заранее, распределяя учебные часы между нужными направлениями. Универсальные юниты (Byleth, Edelgard) имеют доступ к множеству классов, а специалисты (Dedue, Lysithea) оптимальны в узком наборе.
