Система магии в FE16 радикально отличается от предыдущих игр серии: заклинания не покупаются как предметы, а изучаются юнитом при повышении ранга Reason (атакующая магия) или Faith (лечебная/светлая магия). Каждый персонаж имеет уникальный список доступных заклинаний, определённый при создании персонажа.
Количество использований каждого заклинания фиксировано за карту и восстанавливается полностью между главами: Uses per Map = Spell Base Uses. Например, Fire = 10 uses, Bolganone = 5 uses, Aura = 3 uses. Мощные заклинания имеют меньше зарядов. Формула урона: Magic Damage = Mag + Spell Mt - Enemy Res. Магия игнорирует физическую защиту (Def), что делает магов незаменимыми против бронированных врагов.
Уникальные заклинания определяют ценность персонажей. Lysithea изучает Dark Spikes Τ (+14 Mt, Effective vs. Cavalry) — одно из мощнейших заклинаний в игре. Mercedes получает Fortify — AOE-лечение ([Heal](/weapons/heal) = Mag / 2 для всех союзников в радиусе). Система Faith также включает Warp (телепортация союзника на любую клетку на карте) — стратегически разрушительное заклинание.
