Четыре уровня сложности, кардинально влияющие на геймплей. Normal — стандартная сложность для новичков серии, враги имеют умеренные характеристики и ИИ. Hard — повышенная сложность, враги усилены, меньше доступного опыта. Lunatic — экстремальная сложность, враги имеют значительно завышенные характеристики, ИИ агрессивнее, некоторые карты требуют точного планирования. Lunatic+ — максимальная сложность, доступна после прохождения Lunatic. Враги получают случайные дополнительные навыки (Hawkeye, Luna+, Pavise+, Aegis+, Counter, Vantage+), что делает каждое прохождение уникальным и непредсказуемым.
Разница между Normal и Lunatic+ огромна: на Normal можно пройти игру практически любым составом, а на Lunatic+ требуется детальное планирование каждого хода, оптимальное использование Pair Up и Frederick как основного боевого юнита в ранних главах. Lunatic+ считается одним из самых сложных режимов во всей серии Fire Emblem из-за элемента случайности в навыках врагов.
